作業日誌は、文化庁美術工芸課（現・美術学芸課）と東京文化財研究所の壁画修理担当者が、石室保護施設の完成から２年後の７６年８月から記録した。大学ノートに日付と曜日、天候、作業時間、作業者、作業内容を手書きしている。朝日新聞社が情報開示請求をして入手した。
カビに関する最初の記述は７６年９月２９日だ。「（石室内の修理作業補助用の）背もたれ台クッションの周縁に黒い点々が見えるのでカビの発生を懸念してとり外す」
１１月７日には「内壁全体に灰色の斑（まだら）文様が見られるが、その灰色の程度が次第に濃くなっているような気がする。天井奥の石にあった白いキズ跡もすでに灰色くなっていて、そのうちの一つには菌糸に似た黒灰色のものが見える」。さらに７８年１２月５日の日誌は「側壁、天井などでもカビらしき部分多く」「東壁女子群像（綿状）と天井（白い点々）綿にて２カ所カビ採取」などと、壁画上にカビが発生し、広がったことを指摘している。
修理担当者がカビ発生をはっきり認識していたことがわかるのは、１２月１３日だ。「天井カビ殺し ５カ所ホルエタ（ホルマリン、エタノール）塗布」「石室内カビ分布図を作る必要有り？」「西壁 男子群像左側二人 全面にカビ」
当時、壁画修理担当者として日誌を書いた増田勝彦・昭和女子大教授は「当時はカビがこれほど深刻な影響を壁画に与えるとの認識が薄かった。文化庁の関係者だけで処理していたことが結果的に適切な処置を遅らせる一因になったかもしれない」と話す。
７９年１２月１１日「東壁 青竜首の直後に黒いしみ。エタノール筆で軽く拭（ぬぐ）った程度では落ちない」▽８１年１月１１日「東壁 男子像緑青彩色部 ほぼ全面にカビらしきもの見え 青竜も同様」。記述には、担当者の戸惑いもにじむ。
８１年２月８日は「前回処置（ホルマリン、エタノール塗布）した部分全域が白っぽいものに再三覆われる。ホルマリンは白い生育を助長させているとしか思えない」とつづられている。対策が応急にとどまり、焦りもうかがえる。
０１年２月１３日〜３月２日にあった石室のすぐ外側の天井部分の崩落防止工事では、防護服を着けずに作業。これが大量発生につながった。３月２５日の日誌は「石室外表面および墳丘盛土部分に多量のカビが発生。カビはきわめて多量であり、ほぼ取り合い部（石室入り口付近）全面を覆いつくして発生」と書かれている。
文化庁が専門家らに劣化の原因究明を委託した恒久保存対策検討会の委員の一人は「カビが進行したので石室解体、という議論が主で、根本原因は明らかにならず、地球温暖化の影響などといわれた。今回わかった事実からは、自分たちのミスを早くリセットしたいと解体を急いだと思えてくる」と憤る。
